Het bestuur van Pensioenfonds MN bepaalt zelfstandig de koers. De belangen van de werkgever, de werknemers en pensioengerechtigden zijn in het bestuur vertegenwoordigd.
Pensioenfonds MN heeft een paritaire bestuursmodel met 6 bestuurszetels.
In het paritaire bestuursmodel zijn er 3 zetels ingeruimd voor de vertegenwoordigers van de werkgever, 2 zetels voor de vertegenwoordigers van de deelnemers en 1 zetel voor de vertegenwoordiger namens de gepensioneerden.